ศูนย์ฝึกผ่าตัด นับเป็นหน่วยงานที่มีความสำคัญต่อการสร้างองค์ความรู้ด้านการแพทย์ โดยมีวัตถุประสงค์ของการจัดตั้งศูนย์ฝึกผ่าตัดเพื่อให้นักเรียนแพทย์และแพทย์เฉพาะทางได้ฝึกอบรมการผ่าตัดด้วยเทคโนโลยีที่ทันสมัย ทบทวนความรู้ทางกายวิภาคตามมาตรฐานแพทยสภาและพัฒนาการรักษาพยาบาลให้ทัดเทียมกับนานาชาติ ทั้งนี้ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ เสด็จพระราชดำเนินเปิดศูนย์ฝึกผ่าตัด ณ อาคารแพทยพัฒน์ (ชั้น 4) เมื่อวันศุกร์ที่ 27 มีนาคม พ.ศ. 2552 ซึ่งนับเป็นการเปิดศูนย์ฝึกผ่าตัดอย่างเป็นทางการ หลังจากมีการดำเนินงานตั้งแต่ปี 2539 รวมระยะเวลากว่า 20 ปีแล้ว